サブドメイン設定については、現在、ウェブサイトの設定をブログでも引き継ぐことになっています。これによる使いにくさが出ています。
サブドメイン設定について。
http://communities.movabletype.jp/2010/01/post-24.html
ブログ記事ごとサブドメインを設定する方法
http://communities.movabletype.jp/2010/03/post-49.html
MTQでも二回取り上げられていますが、
ウェブサイト:www.sample.com
と設定していると、サブドメインは
sub.www.sample.com
と設定されてしまい、
sub.sample.com
と設定できません。これを回避する方法として
ウェブサイト:sample.com
と設定する方法しかないと記載されていますが、実際にはドメインの設定において、サーバー上でsample.comとwww.sample.comは同じフォルダを参照もしくはどちらか一方のみ(特にwwwつき)を使用することが多いと思われます。
また、ドメイン部分が固定されるため、別ドメインを子ブログとして設定することがまったくできません。ウェブサイトをwww.sample.com、www.blog.comをその配下のブログにする、ということができなくなっています。
そのため、子ブログはウェブサイトの設定を(デフォルトでは引き継いでいてもいいのですが)引き継がなくすることができればと思います。
これまでMT4まででブログをルートディレクトリに設置していた場合、MT5ではブログ記事のURLが変更されるおそれがあります。わたしはこれを変更しないようにデータベース上で子ブログの設定をいじりましたが、「ウェブサイトと、ブログのアーカイブフォルダを同じにする」といった設定も、上記の仕様(ブログがウェブサイトの設定を継承する)のために困難なものとなっています。
この点が改善されれば、MT4からMT5への移行も促されるかと思いますので、要望いたします。

こんにちは。ウェブサイトとブログのURLの関係については、ご指摘いただいたユースケースのように、改善の余地があると認識しています。影響の大きな場所でもありますので、いずれかのリリースで改善を試みたいと思います。まずはいただいたフィードバックをFogBugzに記載させていただきました。
http://bugs.movabletype.org/default.asp?103795