「MT DDC Tokyo テーマ編」で藤本さんのお話を聞いて思いついたのですが、「mt:Entries」などの「include_blogs」で複数のIDを渡すことができると便利だと思います。
こんなイメージです。(今はエラーになります)
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<mt:SetVar name="blog1_id" value="2" />
<mt:SetVar name="blog2_id" value="3" />
<mt:Entries include_blogs="$blog1_id","$blog2_id">
<mt:EntryTitle />
</mt:Entries>
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5.1 ではたぶん include_blogs 周りが変わると思うので、またその辺りが落ち着いたらパッチを書いてリクエストをしたいと考えています。

FogBugz にケースを作成しました。パッチもお待ちしています!
http://bugs.movabletype.org/default.asp?104241