ブログを新規作成するとディレクトリが2つできる

環境
サーバ：RapidSite VPS-01

アプリケーションのパス：/var/www/html/mt
ウェブサイトのパス：/var/www/html

同じウェブサーバにて5.02から5.04にアップデートしました。
方法は、シックスアパートのサイトに記載されている、
「Movable Type 5.0 から 5.0x へのアップグレード 」
の
「2. 新しいディレクトリでのアップグレード」
にて行いました。
但し、mt-static/supportのファイルをコピーせずに行い、後で気が付いてmt-static/supportファイルをコピーしました。

ブログパスの設定を、/var/www/htmlとして新規でブログを作成（仮にfoo）したとき、/var/www/html/mt/foo（こちらは不要）　と　/var/www/html/foo（こちらは必要）　の両方にディレクトリが作成されるようになりました。
5.02までは不要な方は作成されませんでした。
同じような経験をされている方、いらっしゃいましたら情報をいただけると助かります。よろしくお願いいたします。