この問題は、Movable Type 5.12で確認しました。
例えば、ブログ記事の本文が次の内容であるとします。
<script type="text/javascript">//<![CDATA[
document.write('<p>The quick brown fox jumps over the lazy dog.</p>');
//]]></script>
これを<$MTEntryBody encode_xml="1"$>で書き出すと、次のようになります。
<![CDATA[<script type="text/javascript">//<![CDATA[
document.write('<p>The quick brown fox jumps over the lazy dog.</p>');
//]]></script>]]>
CDATA区間の終了子である「]]>」が「]]>」になってしまいます。
それがCDATA区間に入るので、データとしては
<script type="text/javascript">//<![CDATA[
document.write('<p>The quick brown fox jumps over the lazy dog.</p>');
//]]></script>
ということになります。つまり、CDATA区間が閉じなくなります。
これはまずいです。
開発者の方へ
encode_xml="1"で書き出す内容にCDATA区間があるときは、CDATA区間に入れようとせず、
特殊文字をエスケープして書き出すようにすべきです。
ユーザの方へ
ユーザ側の対策として、この不具合が修正されるまでは、mt-configに
NoCDATA 1
と書くべきです。
そうすれば、encode_xml="1"を使ったときに、CDATA区間が終了子を壊されてCDATA区間に入れられることはなくなります。
# セミナーで不具合報告はMTQで受け付けると聞きましたが、「MT5 不具合報告」のようなカテゴリがないので、止むを得ず「その他」にしました。

を訂正します。
encode_xml="1"で書き出す内容に「]]>」があるときは、CDATA区間に入れようとせず、
特殊文字をエスケープして書き出すようにすべきです。
フィードバックありがとうございます。
バグデータベースに登録の上、将来のバージョンでの修正を検討いたします。
https://movabletype.fogbugz.com/default.asp?106452
ありがとうございました。