こんにちは。
MT pro 5.12を使用しています。
SSIをPHPで使用した際に以下の様な事が起こりました。
サイドバーで使用するモジュールテンプレートに、
「sideカテゴリ一覧」「side最新記事」「sideユーザ一覧」
といったプレフィックス+日本語のラベルのテンプレートを作成し、
それぞれをSSIで読み込もうとすると、
ユーザ一覧が3度読み込まれました。
全て「side.php」というファイルを出力しているようで、一番最後に再構築されたユーザ一覧が収まっていたようでした。
(作成されたindex.phpでもincludeのファイルはside.php)
中途半端なラベルでなければ被らないと思いますが、
インクルード用のファイルはテンプレートID等被らないファイル名で出力してほしいです。

現象を確認するために、バグケースを作成しました。
https://movabletype.fogbugz.com/default.asp?107341