悩み：ホスティング環境でのMovableTypeのインストールディレクトリ

ホスティング環境（レンタルサーバー：Xサーバー）でMovableTypeを運用について悩みなのですが、
ドキュメントルート（public_html）より上の階層にアプリケーションディレクトリを構築して運用することは出来ないのでしょうか？

＃＃＃レンタルサーバーのマニュアルだと
ドキュメントルートに「ｍｔ」などのディレクトリを作成して、その中にMovableTypeの全てのファイルを放り込んでOKみたいな感じで書かれております。

＃＃＃運用を考えると（＝素人なりに^^;）
公開しないファイル（設定ファイルや実行プログラム）までもドキュメントルートにいれるのは避けたいところです。

＃＃＃レンタルサーバーの仕様
サーバーのフルパス（サーバー側から割り当てられている階層）は、
/home/exmple_user/exmple_domain/public_html（以下、ドキュメントルート）/　となっており、/cgi-bin/みたいなcgiを専用でおくディレクトリは割り当てられてません。（因みにpublic_html以下ならどこでもCGIが動く設定のようです。）
理想としては、（＝素人考え）

＃＃＃そこで
/home/user/domain/public_html/と同じ階層にMTのアプリケーションを設置して、public_html以下のドキュメントルートに「mt-static（ディレクトリ）」やmt.cgiなどの各種cgiファイルを設置したいのですが・・・果たして可能なのでしょうか？

＃＃＃問題部分を箇条書きにすると・・・
①．public_htmlより上の階層では、.cgiファイルが動かないし、そもそもブラウザから参照できないので、.cgiにアクセスできなくなる・・・（/cgi-bin/がないし）

②．各種cgiファイルの設定が、アプリケーションディレクトリを同階層として設定してある模様（cgiだけ別に移動できない）

といったところです。

このような場合の対処の仕方をご存知の方、若しくは、現環境で多少なりとも運用セキュリティを向上させる方法をご存知の方がいましたら、ご教示頂けますと幸いです。