用語一覧ページを作りたい

記事が古い上に参考になっていないようでスミマセン。
ちょっと書かれたソース見てみますね。

<h2>あ</h2>
<ul>
<li>ice</li>
<li>あか</li>
<li>飴</li>
<li>柿</li>
<li>カメ</li>
</ul>

多分、みたいになっているということですよね？

実際のコードは間違っていないかもしれませんが、ひとまず最初の所は「hiragana」というカスタムフィールドとのことなので、

<MTEntries sort_by="field:hiragana" sort_order="ascend">
<MTSetVarBlock name="push(letter)"><MTcategory></MTSetVarBlock>
</MTEntries>

こんな感じになるんじゃないでしょうか？

<$MTVar name="i" op="-" setvar="x"$>

<$MTVar name="i" op="--" setvar="x"$>

現在出力されているHTMLも抜粋でもあるとわかりやすいです。

「Movable Typeのカテゴリリストにダミーの親カテゴリを表示する」（http://www.koikikukan.com/archives/2011/09/05-015555.php）
で説明されているような、一旦ハッシュに突っ込んでループで取り出す方法もありますよ。

まーしーさん、guimihanuiさんコメントありがとうございます。
カテゴリとカテゴリの説明欄は既に別で使用しているので、
使うことができません。。

まーしーさんの方法で修正をしたところ表示できたのですが、
さらにキーワードというカスタムフィールドで、"ゲスト"が選択されている記事だけを表示させたいのですが、

<MTEntries sort_by="field:yomikata3" sort_order="ascend">

<MTSetVarBlock name="push(letter)"><MTyomikata4_test></MTSetVarBlock>

</MTEntries>

<$MTSetVar name="i" value="0"$>

<MTEntries sort_by="field:yomikata3" sort_order="ascend">

<MTIf tag="keywords" eq="ゲスト">

<h2>あ</h2>

<ul>

<li>ice</li>

<li>あか</li>

<li>飴</li>

<li>柿</li>

<li>カメ</li>

</ul>

ゲストのチェックが入っていないものが出ているのは少々謎なのでそこはどの指定が引っかかっているのか見る必要があるかと思いますが、guimihanuiさんが書かれているようにハッシュでやってもいいかもしれません。

<mt:Entries field:keywords="ゲスト">
    <$mt:category setvar="letter"$>
    <mt:SetVarBlock name="list{$letter}" append="1">
<li><a href="hoge"><$mt:name$></a></li>
    </mt:SetVarBlock>
</mt:Entries> 
<mt:loop name="list">
  <h2><mt:GetVar name="__key__"></h2>
  <ul><mt:GetVar name="__value__"></ul>
</mt:loop>

件数とkeywordsのフィルタリングがきいているのかどうかは一度単純なコードを出力してみる必要がありそうです。