説明不足にも関わらずご教授くださいましてありがとうございました！（お察しのようにマルチドメインを使用しています。）
頂いたリンク先を参考に修正して、無事、タグ機能が働くようになりました。

どうもありがとうございました★

それにしたがって，mt-config.cgiを書き換える作業が必要になるはずです．
参照→マルチドメインでブログを公開したい | Movable Type 4 FAQ

<a href="javascript:void(0)" onclick="location.href='<$mt:TagSearchLink encode_js="1"$>...

既にまーしーさんや藤本さんが回答されていますが、せっかくですので考えてみました。
一つの考えとして参考になれば幸いです。

Movable Typeで今月と来月の記事を一覧表示させてみる(ハッシュ無し版)
http://studio-weekend.com/blog/mt_tips_mtq_answer01.html

返信がすごく遅くなってしまい、申し訳ありませんでした。
MTCSの件は本当に情報が少ないので返信いただけて助かりました。

なるほど外部認証系はコメント投稿までなのですね。
認証の部分だけTwitter、Facebookなどに委託して、情報の管理をMTで出来れば
利用者の敷居も下がると思ったのですが…難しいですね、、。

もしサービスを作る場合、ユーザを二種類に分けて記事を投稿できるユーザと、
コメントのみのユーザを分けて後者だけ外部サービス可にするのがよさそうです。

作り始める前にこの制約が分かって良かったです！
今回はMTCSを使用するのでMTのユーザ登録一本で行ってみたいと思います。

ありがとうございました！

標準機能ではご希望のようなことはできませんが、特注（有償）でなら、機能を追加することはできます。

ありがとうございます。

確認します。

解説の後半を公開しました。

http://www.h-fj.com/blog/archives/2012/02/04-093038.php

フィールドをドラッグアンドドロップで並べ替えた後、ブログ記事の編集のページを再読み込みすると、ドラッグアンドドロップの順序と連動して、オプションの表示順も変わります。
両者の並び順を別々に変えることはできません。

CKEditor for MT側のカスタム設定例
https://github.com/usualoma/ckeditor-for-mt/blob/download/plugins/CKEditor/lib/CKEditor/L10N/ja.pm

CKEditorのconfig
http://docs.cksource.com/ckeditor_api/symbols/CKEDITOR.config.html#.contentsCss

または、CSSは1枚のまま、bodyにIDかclassを追加して、ほげほげする事も出来ると思います。http://docs.cksource.com/ckeditor_api/symbols/CKEDITOR.config.html#.bodyClass

的外れな回答でしたら、申し訳ございません。

であれば、先にBカテゴリーかどうかを判定し、そうでない場合はMTElseタグを使ってAカテゴリーを表示すれば可能かと思われます。

テンプレートの具体的な内容は以下の記事を参照願えますでしょうか。
Movable Type 4 でカテゴリー別にデザインを切り替える方法（その2）
http://www.koikikukan.com/archives/2008/02/20-012525.php

解説の前半を公開しました。

http://www.h-fj.com/blog/archives/2012/02/03-082141.php

こんにちは。質問を整理すると

「第二階層以下のみ、サイドナビを表示したい」

とも言えそうなので、

「現在のフォルダが最上位フォルダ＝親フォルダがない」

場合はサイドメニューをインクルードせずに

「現在のフォルダより、上にもフォルダがある＝親フォルダがある」

という条件で分岐してはいかがでしょうか。

このあたりのタグが使えそうな気がします。

http://www.movabletype.jp/documentation/appendices/tags/hasparentfolder.html

私も考えてみて、明日のブログの記事にしたいと思います。

あまりキレイな感じではないのですが、参考になればと言うことで考えてみたメモをエントリーにしておきました。

Movable Typeで今月と来月の記事を一覧表示させてみる｜linker journal｜linker
http://linker.in/journal/2012/02/movable-type-54.php

考えるきっかけになれば幸いです。

何故かは分かりませんが、サムネイルが生成されない不具合が起こっていたようです。
そのため一覧画面でのエラーとなるようです。

FTPで該当の画像を削除することで解決しました。

ありがとうございました。

結局以下の通りしてみました。
サブカテゴリは使わず
BとAをそれぞれカテゴリを作りました。
メインカテゴリをAで選択します。
正しい使い方かどうかまでは分かっていません。
もし間違いがあればご指摘お願いします。

カテゴリ別ブログ記事リストテンプレートについては
以下の通りしてみました。

<MTIfCategory name="B">

Bのテンプレート

<MTElse>

　　<MTIfIsDescendant parent="A">

Aのテンプレート

  </MTIfIsDescendant>

</MTIfCategory>

ブログ記事テンプレートについて、
Bについては以下の通りしてみました。

<MTIfIsDescendant parent="B">

Bのテンプレート

<MTElse>
</MTIfIsDescendant

又、Aのテンプレートについては以下の通りしてみました。

<MTIfCategory name="A">

Aのテンプレート

</MTIfCategory>

早速のご回答ありがとうございます。
そして、こんな便利なプラグインがあったのですね！

早速詳しく見てみたいと思います。
重ねて御礼申し上げます。

プラグインを使えるのであれば、拙作のSearchEntriesプラグインをぜひご利用ください。

http://www.h-fj.com/blog/mt5plgdoc/searchentries.php

丁寧なご回答ありがとうございます。
やっぱり標準機能では無理なんですね．．．

クライアントから特にプラグインが禁止されているわけではないのです。ただ、うまく機能に該当するプラグインが見つけられておらず、標準機能から何とかできないものかと調べていたのです。

もし最初の質問のような機能を実装するに適したプラグインがありましたらご紹介いただけないでしょうか？

何から何まですみません。
どうぞよろしくお願いいたします。

こんにちは。
当方でもMT5.12で日本語タグの文字化け回避で試行錯誤していた際に同様の問題がありました。
ウィジェット「タグクラウド」のアンカーでブログIDを指定することで解決しました。
下記の「IncludeBlogs=3&」部分になります。

<a href="MTのURL/mt-search.cgi?IncludeBlogs=3&amp;tag=<$mt:TagName encode_url="1"$>&amp;limit=20" rel="tag"><$mt:TagName$></a>

パフォーマンスを無視すれば、テンプレートタグの組み合わせで強引にできなくもありません。
しかし、「ブログ記事を全部読み込んで、テンプレートタグで1つ1つ条件判断する」という手法ですので、記事数が多くなるにつれて、再構築が非常に重くなってしまいます。

クライアントからプラグインを使うことを禁止されていたりするのかも知れませんが、ここは何とかして、プラグインを使うことをお勧めします。

なお、Movable Typeの標準機能には、複数のカスタムフィールドを組み合わせて検索を行うようなテンプレートタグはありません。