MovableTypeは全くの初心者になります。
Version4 から 7 へのアップグレードです。
Version4 で登録されているテンプレート（インデックステンプレート）をVersion7 にコピペで登録しました。
Version4 では
・出力ファイル名は index.html
・テンプレート中にphpあり（主にinclude）
・記事の登録を行うとphp部分は実行されその結果をhtmlファイルとして出力
Version7 で同じように設定したつもりですがphp部分が実行されずに出力されてしまいます。
設定漏れやテンプレートの書式変更などありますでしょうか？
よろしくお願いします。
「php部分が実行されずに出力されて」ということですが、ブラウザでソースを表示させたとき、
該当箇所がなどのようになっていれば、拡張子.htmlでPHPが実行できていない
からではないでしょうか？
もしアップデートに伴い、サーバが変わっていらっしゃるなら、一旦MTとは切り離して、
「任意のファイル名.html」になどと書いて
そのファイルをサーバにアップロードし、ブラウザで確認した場合はどのように表示されていますか？
修正です。