このたびはお世話になります、初めて投稿させていただきます。
お客様のサイトでMT6からMT7へのアップグレードのため、
新ディレクトリmt7（仮）を作成して、もろもろ確認が済み、OKとなりましたので、
MT6のディレクトリmt6（仮）をリネームして、mt6_1209としました。
ゆくゆくは消すつもりで、まずはMT6で更新されてしまわないようにリネームしておいた次第です。
そしてmt7/mt.cgiへアクセスしたら、500エラーとなってしまいました。
ディレクトリ名mt6_1209を、mt6へ戻すと、mt7/mt.cgiに普通にアクセスできて動作も問題ないです。
mt7/config.cgiが、mt6を参照しているのか？と思って確認しましたが、CGIPath、StaticWebPath、StaticFilePathはmt7を参照できてるようでした。
mt7内のcgiはすべて755パーミッションです。
現状のままmt6を置いておけばmt7が動くのならそれでいいものなのか...（あんまりそうは思わないのですが...）、将来、mt6を消した際にmt7にアクセスできないと困ると思い、解決策、ヒントが得られないかとお伺いさせていただきました。
どうぞよろしくお願いいたします。
＞fujimoriさん
事象より、処理の中で旧ディレクトリにアクセスしている可能性が高いと思われます。
例えば旧ディレクトリから持ってきたプラグインの処理でアクセスしている等。
TeraTerm等、サーバにターミナルでアクセス可能であれば、mt7配下を旧ディレクトリ名でgrepしてみてはいかがでしょうか。
あるいは3rd party製プラグインを全て無効にしてみるなど。
あと考えられるのは.htaccessの設定でしょうか。
上記で解消しない場合、原因を発見するための切り分け（MT7の単純なインストールで問題がないか確認し、運用の環境に近づけていく）が必要と思われます。
＞yujiroさま
ご返信ありがとうございます。
やはり何らかの処理のために、旧ディレクトリにアクセスしている感じですよね…
サーバーにはFTPでアクセスすることしかできないので、プラグイン、htaccessを検証してみます。
htaccessについては、旧ディレクトリの設定が入っていたというのは聞いておりますので、そのあたりの詳しい情報を探ってみます。
そもそもDBが、旧ディレクトリのDBを複製して別名にしたものにアクセスしているのですが、別名になっているので（config.cgiも別名のDBにアクセスしています）それは関係ないですよね…
ありがとうございました。
＞yujiroさま
その後、htaccessの中身を検証しましたところ、やはりパスに旧ディレクトリが指示されている行が入っておりました。
そこにパスが入っているとは知らず、簡単なところでつまづいてしまい、ご心配・ご面倒をおかけしてすみませんでした。
そして、的確なアドバイスを本当にありがとうございました。
解決できましたので、これでクローズにしたいと思います。
削除していただいて結構です。
ありがとうございました。
＞fujiさん
ご連絡ありがとうございました。
無事に直ったようでよかったです。